Kyon, seu típico estudante do ensino médio, há muito tempo desistiu de sua crença no sobrenatural. No entanto, ao encontrar-se com Haruhi Suzumiya, ele rapidamente descobre que é o sobrenatural que ela está interessada - aliens, viajantes do tempo e espers entre outras coisas. Quando Haruhi lamenta sobre a falta de clubes intrigantes em torno da escola, Kyon inspira Haruhi para formar seu próprio clube. Como resultado, a Brigada SOS é formada, um clube que se especializa em tudo o que é o sobrenatural. Muito para seu desgosto, Kyon, junto com a silenciosa leitora de livros, Yuki Nagato, a envergonhada e tímida Mikuru Asahina, e o perpetuamente alegre Itsuki Koizumi, são recrutados como membros. A história segue as aventuras loucas que estes quatro suporta, sob sua líder, Haruhi.
