Continuação de .hack//Sign.
Conta a história de Shugo e Rena, um casal de irmãos gêmeos que viviam separados devido ao divórcio dos pais. Sem ter o contato de seu irmão, Rena acaba entrando em um concurso da CC Corporation e ganha como prêmio os personagens Kite e Black Rose, os lendários .hackers que, há quatro anos atrás, haviam salvo The World e como recompensa o modelo (skin) de seus personagens não poderiam mais ser utilizados por ninguém. Aproveitando isso, Rena incentiva seu irmão Shugo a usar o personagem de Kite e se encontrar com ela dentro de The World. No entanto, ao mesmo tempo que os irmãos começão a jogar e conhecer novos amigos, eventos misteriosos começam a ocorrer em The World. Pessoas começam a entrar em coma na vida real e monstros "bugados" voltam a atacar o mundo (semelhante ao incidente do crepúsculo). Mas como isso pode ser possível se os .hackers resolveram o incidente? Qual a ligação dos problemas recentes e o retorno dos lendários personagens Kite e Black Rose?
